Разработчики подчеркивают, что S.T.A.L.K.E.R. 2: Heart of Chernobyl – нелинейная игра. Многие решения игрока, особенно выбор фракции, существенно повлияют на развитие событий, поэтому для полноценного опыта шутер лучше пройти несколько раз – суммарно это займет примерно 100 часов. При этом в игре не будет правильных и неправильных решений – речь скорее о разных идеологиях и убеждениях.